Емил Стоянов е роден през 1959 година в Пловдив.
Завършил е немска гимназия, а след това литература в Пловдивския и Лайпцигския университет.
Автор е на три книги и на над сто статии и преводи от немски език.
През 1990 година Емил Стоянов основава университетското издателство в Пловдив.
През 1992 година основава издателство „Пигмалион“, специализирано в издаването на художествена немскоезична литература. До момента в „Пигмалион“ са издадени над 100 немски, австрийски и швейцарски автори.
Емил Стоянов е бил заместник генерален директор на Българската национална телевизия през 1997-1998 година.
През месец май 2000 г. издателство „Пигмалион“ организира в Пловдив европейска среща „Берлин – Пловдив“ под патронажа на тогавашния председател на немския парламент Рита Зюсмут.
През 2001 година създава първата в България новинарска телевизия „Европа“, на която е председател на Съвета на директорите. Tелевизия „Европа“ има 1 000 000 зрители на ден. През 2016г. Емил Стоянов продава акциите си от Телевизия „Европа“ и напуска управлението й.
През 2005 година Емил Стоянов учредява фондация „Пигмалион“, чиято цел е подпомагането на литературата, изкуствата и медиите.
През 2006 година фондация „Пигмалион“ става съучредител на големия европейски проект „Халма“. В него участват 22 литературни и културни институции от 16 страни. Водеща институция е Литературният колоквиум в Берлин. Проектът тръгва с благословията на тогавашния министър на външните работи на Федерална република Германия Франк-Валтер Щайнмайер.
През 2008 година фондация „Пигмалион“ съвместно с фондацията за култура „Еденкобен“ от Федерална република Германия става съучредител в литературния проект с водещ Инго Вилхелм под наслов „Балкански азбуки“.
През 2009 година Емил Стоянов е избран за евродепутат от гражданската квота на партия ГЕРБ, която е член на Европейската народна партия.
В Европейския парламент Емил Стоянов става първият българин член на Комисията за култура, образование и медии и на делегацията за връзки с Израел. Заместник-член е на комисията по транспорт и туризъм и на делегацията за връзки с Австралия и Нова Зеландия.
През 2002 година Емил Стоянов е удостоен от президента на Република Австрия с Почетния кръст за наука и изкуство заради изключителните му заслуги за популяризирането на австрийската литература в България.
През 2005 година Емил Стоянов е награден с Почетния кръст за заслуги към немската култура във връзка с многогодишните му усилия за нейното популяризиране в България.
През юни 2017г. Емил Стоянов създаде нов медиен проект – ДЕБАТИ.БГ , който представлява модерна интернет платформа с елементи на вестник и телевизия.